Die Orgel dient in der Neuapostolischen Kirche primär als gottesdienstliches Instrument. Orgelkonzerte werden in der Gebietskirche Süddeutschland vor allem im Rahmen der »Stunde der Kirchenmusik«, die in einigen Kirchenbezirken veranstaltet wird, sowie in der Reihe »Orgeln in unseren Kirchen« in den Apostelbereichen Nürtingen, Stuttgart und Ulm angeboten.
2006 fand ein Orgelabend in Sachsenheim statt. Verschiedene Organisten sowie der Kammerchor Stuttgart wirkten mit. Anlässlich des 100-jährigen Jubiläums der Gemeinde Sachsenheim fand 2010 ein Abend mit Kammer- und Orgelmusik statt.
Die Pfeifenorgel, »Königin« der Musikinstrumente, bereichert nicht nur musikalisch die Gottesdienste – sie ist zudem ein wichtiges Architekturelement im Kirchengebäude.
Als Besonderheit der Orgel in Sachsenheim ist der Prospekt aus Holz zu erwähnen, der aus der Holzflöte 8‘ und dem Subbass 16‘ besteht.
Die Orgel wurde 1972 von der Firma Steirer-Stahl, Bietigheim-Bissingen, erbaut.
